Umění tvorby japonských a čínských zahrad představuje ojedinělý jev v pokladnici světové kultury. Kolébkou tohoto osobitého umění je Čína, odkud ho v 8. století přejali Japonci.
I dnes je styl těchto zahrad velice oblíbený, protože do naší uspěchané doby vnáší klid, ticho eleganci, místo pro uvolnění mysli a meditaci.

Japonská zahrada v Botanické zahradě hl. m. Prahy se začala budovat v roce 1995 na ploše 0,67 ha a pro veřejnost byla otevřena v roce 1997. Expozice je tvořena ze dvou částí. První představuje horskou krajinu s chýší a jezírkem. Ve druhé, sbírkové části, jsou shromažďovány rostliny pocházející z Číny a Japonska. Základními prvky zahrady jsou voda, kámen a rostliny. Výsadby rostlin nemají za cíl uchvátit hýřivostí barev květů, ale zdůraznit eleganci stálezelených dřevin a proměnlivost scenérie během celého roku.

Při budování Japonské zahrady bylo využito tradičních prvků. Kameny na chodníčku „tobiiši“ mírně vyčnívají nad úroveň terénu tak, aby si člověk během chůze neumazal boty. Záměrně jsou položeny nepravidelně, jako tomu bývá v přírodě. V klidném zákoutí je umístěna tradiční vysoká zahradní lampa, která vedle své praktické funkce symbolizuje „světlo poznání zaplašující mračna nevědomosti“. Dřevěná čajová chýše poskytuje klid pro odpočinek či meditaci a nádherný výhled do zahrady a na jezírko.

Také jednotlivé rostliny mají v tradici japonských zahrad svou symboliku. Například javory symbolizují podzim či moudrost. Ve zdejší zahradě můžete vidět jednu z nevětších sbírek kultivarů japonských javorů v České republice. Protikladem k nim jsou slivoně, symbolizující nový život, ctnost a dívčí krásu. Borovice představují věčný život a odolnost, pivoňky vznešenost, bohatství a moc.
Bližší informace o dřevinách v Japonské zahradě najdete ZDE. 

Také expozice Japonské zahrady se stále vyvíjí. V roce 2012 prošlo kompletní rekonstrukcí jezírko a jeho blízké okolí. Na břehu jezírka byla nově vysezena tvarovaná borovice, kterou si zahrada ve svém zázemí pěstovala zhruba 20 let. Dále expozici nově ozdobilo více než 500 kusů nízkých azalek a drobných trvalek, které dotváří poklidnou meditační atmosféru.

Na podzim roku 2012 zde paní Madeleine Albrightová vysadila borovici Thunbergovu (Pinus thunbgerii). Tento téměř 2,5 metru vysoký a přes šedesát let starý exemplář byl tvarován v Japonsku. Jeho okolí dotvořilo stylizované kamenné moře, ze kterého vyplouvají kameny symbolizující jednotlivé ostrovy japonského souostroví. Kamenné moře je doplněno zajímavými dřevinami ve tvaru polokoulí tak, aby vše podtrhovalo krásný tvar šedesátileté borovice.
V Japonské zahradě má svoji dřevinu i Václav Havel, který zde v roce 2009 vysadil japonskou sakuru Prunus serrulata ´Amanogawa´. V roce 2013 zde vysadila jeho žena Dagmar Havlová japonský javor (Acer palmatum). 

Japonská zahrada se stala již tradičním místem konání výstavy bonsají. Každoročně v květnu jsou zde vystaveny desítky bonsají z kolekce naší botanické zahrady i předních českých a zahraničních pěstitelů.