Sbírka jehličnanů je zde chápána v rámci řádu borovicotvaré (Pinales). Jednou z významných sbírek jsou cykasy, dále pak jednodruhové skupiny obsahující jinan (Ginkgo) s řadou kultivarů a rod wolemie (Wollemia). Bohaté jsou i sbírky chvojníků (Ephedra) a liánovců (Gnetum).
Sbírka jehličnanů je koncipována jako průřezová a jejím účelem je shromáždit pokud možno kompletní kolekci rostlin všech rodů, v některých skupinách i druhů.
Z venkovních sbírek jehličnanů je třeba vyzdvihnout rod borovice (Pinus), který je v zahradě zastoupen 49 taxony. Z toho některé jsou opravdu vzácné, například borovice jednolistá (Pinus monophylla) nebo borovice Sabineova (Pinus sabiniana), borovice kadidlová (Pinus taeda) či borovice Bungeova (Pinus bungeana).
Jinan dvoulaločný (Ginkgo biloba) je archaický reliktní druh dochovaný na malém území v Číně. Existuje přes 90 kultivarů a forem, třetina se komerčně pěstuje. Kultivarová kolekce jinanů představuje rozmanitost této starobylé dřeviny. Ve sbírkách je zastoupen sloupovitý kultivar ‚Obelisk‘, nebo převislý ‚Praga‘.
Zajímavé je také zastoupení exotických cypřišů ve venkovních expozicích. Vyzdvihnout lze například cypřiš velkoplodý (Cupressus macrocarpa), cypřiš arizonský (Cupressus arizonica) nebo mediteránní cypřiš vždyzelený (Cupressus sempervirens).
Další zajímavou skupinu tvoří cedry, mezi nimiž vyniká vysokohorská expozice cedru himálajského (Cedrus deodara).
Mezi nejvyšší jehličnany patří ve sbírkách dva exempláře sekvojovce obrovského (Sequoiadendron giganteum) pěstované již od 70. let 20. století.
Jehličnany jsou relativně nenáročné dřeviny zajímavého vzhledu a evolučního původu. Mnohé druhy patří v přírodě mezi výrazně ohrožené vyhynutím. Tropické a subtropické jehličnany se v botanických zahradách nepěstují příliš často. V naší botanické zahradě dobře rostou a jejich výhodou je také možnost tvarování a udržování menšího vzrůstu.