Pražská botanická zahrada hlavního města Prahy byla zřízena usnesením plenárního zasedání Národního výboru hlavního města Prahy (dále jen NVP) v roce 1968; oficiálně začala existovat k 1. lednu 1969.
Pozdější první ředitel botanické zahrady Ing. Jan Jager podal již roku 1958 návrh na zřízení státní botanické zahrady. Jako možná místa, kam by mohla být umístěna, uvedl park v Průhonicích, horní část údolí Šárky a plochu mezi Motolským potokem a usedlostí Cibulka v Košířích.
Troja jako možná lokalita byla navržena poprvé až v březnu 1965 tehdejším Útvarem hlavního architekta, který předložil k připomínkovému řízení generel Trojské kotliny, kde se mimo jiné objevil i návrh na zřízení menší botanické zahrady v prostoru dnešní přírodní památky Havránka. V tomto projektu se totiž také počítalo s přemístěním Přírodovědecké fakulty Univerzity Karlovy do Troje a nová botanická zahrada měla být nedílnou součástí nového univerzitního areálu.
Protože prostor rozkládající se kolem Havránky byl příliš malý, navrhl tehdejší Zemědělský odbor NVP přemístění botanické zahrady severně od ZOO do prostoru mezi rezervacemi Podhoří a Velká skála. Úvar hlavního architekta tyto připomínky (v březnu 1966) akceptoval a tehdejší NVP vydal usnesení, které toto rozhodnutí akceptovalo a přikázal vypracovat důvodovou zprávu ke zřízení botanické zahrady v Troji.
1) Počátek 70. let minulého století
2) 2001: Výstavba skleníku Fata Morgana
3) Starý likusák byl zbourán v roce 2008
Usnesením č. 111 ze dne 30. dubna 1968 byl vydán souhlas s vybudováním botanické zahrady v prostoru Troja - Podhoří s názvem Pražská botanická zahrada jako samostatné rozpočtové organizace v rámci NVP a s jejím zřízením k 1. lednu 1969.
Ředitelem nově vzniklé botanické zahrady byl jmenován Ing. Jan Jager (ředitelem od 1. ledna 1969 do 31. prosince 1973), který se o její založení významně zasloužil. První ředitel nechal společně se Svazem architektů vypsat soutěž na ideové řešení botanické zahrady; tento návrh nebyl nikdy zcela realizován.
V roce 1973 nastoupil na post ředitele ing. Josef Vyskočil, který vedl zahradu až do roku 1989. Během jeho působení začala být plocha kolem správní budovy v Nádvorní ulici postupně přeměňována na expoziční plochy. Nedaleko bohnického sídliště v ulici Na Farkách vznikla v roce 1975 velká pěstební zahrada a další pěstební areál byl založen nedaleko ulice K Pazderkám.
V roce 1982 byla v rámci areálu botanické zahrady vyhlášena chráněná území Podhoří, Salabka a Havránka. Jako jejich ochranné pásmo byl stanoven areál celé botanické zahrady.
V roce 1984 vzniká nová rozvojová studie, kterou vypracoval Pražská projektový ústav pod vedením šéfinženýra ing. M. Železného. V rámci studie byly provedeny rozsáhlé průzkumy, vzniklo libreto zahrady i generel dalšího rozvoje, který ale nikdy nebyl uveden v život.
Ačkoliv v tomto období dochází spíše ke stagnaci výstavby areálu, v zahradě je soustředěn bohatý sortiment rostlin - stálezelených listnatých i jehličnatých dřevin, minirůží, sortiment zahradních hybridů kosatců i botanických cibulovin. Založena byla také sbírka bonsají, jedna z prvních v republice. Index plantarum vydaný v roce 1979 obsahuje již celkem 1889 druhů a kultonů. Botanická zahrada také pořádala řadu akcí - výstavy kosatců, přírodovědné soutěže i přednášky pro školy a prázdninové tábory.
Navzdory všem snahám nevznikla až do roku 1989 v Troji funkční a pro veřejnost otevřená botanická zahrada. Výstavba zahrady v původně plánované rozloze, která by ji zařadila k největším světovým botanickým zahradám, se kvůli nedostatku financí a roky trvajícím diskusím o smyslu a poslání botanické zahrady nikdy neuskutečnila. Až do roku 1992 nebyla zahrada nikdy celoročně otevřena pro veřejnost - návštěvníci ji mohli navštívit pouze po několik dní v roce v rámci tzv. Dnů otevřených dveří. Pro většinu Pražanů tak zastala zcela neznámá.
Po roce 1989, kdy byl odvolán ředitel Ing. Josef Vyskočil, se ředitelem stal Ing. Evžen Pechman (ve funkci byl do června 1993). K největším problémům, které musel řešit, patřily majetkové vztahy k objektům a pozemkům v zájmovém území zahrady. I díky jeho snahám se v srpnu 1992 se zahrada po mnoha letech otevřela veřejnosti tzv. Úvodní expozicí - parkově upravenou plochou mezi správní budovou v Nádvorní ulici a vinicí sv. KláryTento rok znamenal zlom v existenci botanické zahrady. Konečně začala pronikat do povědomí Pražanů, pro které byla zřízena.
V roce 1997 se expozice zvětšily o více než 1,5 ha - byla zpřístupněna japonská zahrada, vřesoviště podél viniční zdi, expozice flóry Turecka a Středomoří a kolekce kosatců.
Na základě koncepce vypracované v letech 1995-1996 začala botanická zahrada připravovat výstavbu tropických skleníků. S myšlenkou vybudovat velký atraktivní skleník přišel tehdejší Jiří R. Haager, který byl ředitelem zahrady od února 1994 do listopadu 2001. Vycházel ze svých více než třicetiletých zkušeností s pěstováním tropických rostlin a expedic do tropů Jižní Ameriky a jihovýchodní Asie. Jeho přístup asi nejlépe vystihuje citát: „Nenávidím hranaté skleněné domečky, ve kterých najdete stoly s kytkama v hrncích. Mám sen o přirozené intimní expozici s rostlinami, které v jiných zahradách nenajdete - a skalnatá tropická rokle je přece úžasně romantické místo pro snění.
Soutěž na projekt tropického skleníku byla vyhlášena na jaře 1995. Jejím vítězem se stal arch. Zdeněk Deyl; na základě jeho návrhů bylo v říjnu 1997 vydáno územní rozhodnutí a o rok později také stavební povolení. Stavba skleníku Fata Morgana se bohužel z různých důvodů protáhla. Kolaudace se dočkal byl v květnu 2003. Jeho zkušební návštěvní provoz byl za přítomnosti primátora hl. m. Prahy Pavla Béma zahájen v září téhož roku a pro veřejnost se plně otevřel v červnu 2004.
Na jaře 2008 bylo zkolaudováno pěstební zázemí pod skleníkem Fata Morgana, v nejbližší době bude snad dostavěn i předprostor skleníku, kde by měl vzniknout důstojný vstup včetně malé restaurace, infocenstra a výsadeb vhodně navazujích na skleník.
V roce 2002 byl schválen generel rozvoje botanické zahrady zpracovaný kolektivem autorů pod vedením Ing. arch. Dandy. Je Na jeho základě se bude v následujících zhruba 10 letech zahrada postupně rozvíjet. Cílem je nejenom nabídnout návštěvníkům 17 ha expozičních ploch včetně dalších skleníků (cibulového a skleníku s masožravými rostlinami), ale vystavět i novou správní budovu a hlavní nástupní prostor do botanické zahrady přemístit do severní části areálu, čímž by se ulehčilo dopravně přetížené Troji.
V roce 1995 byla botanické zahradě do správy svěřena památkově chráněná vinice sv. Kláry. V letech 1996-1997 se podařilo opravit větší část chátrající viniční zdi. V květnu 2001 byla otevřena vyhlídka u kaple sv. Kláry a v dubnu 2004 i horní část této unikátní pražské vinice s viničním domkem. Od rok 2005 je vinice zpřístupněná celoročně.
V únoru 2005 byly zahájeny sanační práce na části viničního svahu nad ulicí Trojská, kde hrozil sesuv zeminy, poškození obvodových zdí i hlavní příjezdové komunikace do ZOO. V místě sanovaného svahu se do prostoru opěrné konstrukce začala v květnu 2009 budovat Expozice výroby vína. Expozici, která byla slavnostně otevřena v září 2009, tvoří tři na sebe navazující sklepní prostory - střední místnost slouží jako vstupní prostor, západní je určen výrobě vína a východní je jako sklad vína v lahvích s možností degustace. Víno ze zdejší vinice se tak poprvé v její dlouhé historii zpracovává přímo na místě.
Rok 2011 byl pro botanickou zahradu rokem přelomovým. K 1. dubnu sloučila roztříštěné venkovní expozice (nazývané Areál Jih, Areál Sever a Zdarma přístupné expozice) v jeden celek. I když se toto opatření nesetkalo s velkým ohlasem u sousedů, návštěvníci jej jednoznačně přivítali – přestali bloudit mezi několika samostatnými expozičními celky oddělenými od sebe ploty, ale navštěvují jednu velkou a přehlednou venkovní expozici s množstvím zajímavých výsadeb.
Venkovní expozice Botanické zahrady se tedy od dubna 2011 rozkládají na ploše téměř 25 hektarů a jsou přístupné celoročně.
Kromě návštěvníky hojně navštěvované Ornamentální zahrady (tato nejstarší část venkovních expozic byla pro veřejnost otevřena již v roce 1992) a Japonské zahrady (založené v roce 1997) byly zpřístupněny tyto expoziční celky:
Stráň, na níž se dosud dochovaly fragmenty původních stepních společenstev, které byly typické pro Troju ještě do 20. let minulého století, kdy se na jejím katastru nacházely intenzivně spásané pastviny, orná pole a sady. Postupně zde vysazujeme také suchomilné dřeviny se zajímavými květy a plody.
Pivoňková louka, jejíž sbírka dřevitých a botanických druhů pivoněk patří k nejrozsáhlejším sbírkám těchto monumentálních trvalek u nás. Pivoňková louka hostí také kolekci magnolií, která je efektní zejména na přelomu března a dubna, kdy desítky těchto krásných dřevin kvetou.
Celoročně je zpřístupněna i velice zajímavá expozice Stálezelené dřeviny a stínomilné trvalky (hajničky), unikátní sbírka rostlin, které rostou v podrostech v listnatých lesích Evropy, Asie i Ameriky.
Velkým lákadlem pro všechny milovníky kaktusů a sukulentů je nepochybně sbírka zimovzdorných kaktusů v expozici Severoamerická polopoušť, která je zaměřena především na severoamerické zástupce rodu opuncie a juka. Kromě rostlin z čeledi kaktusových se zde můžete seznámit i s mnoha severoamerickými trvalkami a jehličnany, které v přírodě tvoří v těchto společenstvech jejich kostru.
Mokřad a jezero paří k jedněm z mála míst, kde mohou žáby na jaře klást svá vajíčka. Kromě zajímavých vodních, bahenních, ale i masožravých rostlin zde můžete po celé jaro sledovat vývoj našich domácích žab a čolků.
V expozicích Lesní biotopy východní Asie a Lesní biotopy Severní Ameriky postupně vysazujeme desítky zajímavých dřevin. Dosazujeme sem také bylinné patro, takže za několik let budou tyto plochy navozovat dokonalou iluzi východoasijských či severoamerických lesních společenstev.
Dalším velkým mezníkem, který nás, díky nevyřešeným vlastnickým vztahům k pozemkům ještě čeká, bude propojení venkovní expozice a Areálu Západ můstkem přes historickou úvozovou cestu.