Tropický skleník Fata Morgana najdete na prosluněném jižním svahu trojské stráně. Moderní stavba s neobvyklým esovitým půdorysem je zapuštěna do skalnatého terénu. Přirozeně členitého povrchu skály, která tvoří zadní stěnu skleníku, je zde důmyslně využito k terasovité výsadbě rostlin. Vzniká tak pozoruhodná expoziční plocha o rozloze cca 1750 metrů čtverečních, která svým originálním řešením činí z Faty Morgany evropský unikát. Všechny části expozice jsou protkány cestami pro návštěvníky o celkové délce 225 metrů. Expozice jsou citlivě doplněny vodními prvky, jezírky a vodopády. Mezi nejatraktivnější patří čtyři metry hluboké jezero v prostřední části skleníku s celkovým objemem 200 m³ a téměř 6 metrů vysoký vodopád.
Interiér skleníku je rozdělen do tří samostatných částí s rozdílnou teplotou a vlhkostí vzduchu, v nichž se návštěvník postupně seznamuje s rostlinstvem tropického a částečně i subtropického klimatického pásma. Výsadby jsou členěny podle významných fytogeografických oblastí a jsou uspořádány tak, aby navodily představu přirozených rostlinných společenstev. Na rozdíl od jiných skleníků se zde setkáváme s mnoha druhy rostlin, které jsou v příslušných oblastech běžné a zahradnicky zdánlivě jen málo významné. Jedná se i o lokalizované rostliny pořízené při expedičních sběrech, které podnikli pracovníci botanické zahrady. Kolekce těchto druhů představuje velice cenný studijní materiál.
Úvodní část expozice je věnována suchomilné vegetaci aridních (suchých) tropů a subtropů. Návštěvníka nejprve uvítá suchý australský buš a ukázka vzácné flóry z ostrova Madagaskar. Dále se seznámí s xerickou (suchomilnou) vegetací jižního Mexika a několika oblastí Afriky, mezi nimiž nejvíce zaujme kapský Namaqualand a Little Karoo. Prostřední a současně největší část skleníku představuje nížinný deštný les humidních (vlhkých) tropů. Se sukulentní částí je spojen podzemní štolou raženou ve skále, na jejímž konci se po obou stranách otevírá pohled do dvou velkých sladkovodních akvárií obydlených množstvím tropických ryb a jiných živočichů. Největší část tropického lesa je tvořena rostlinným společenstvem Jižní Ameriky a vybraných středoamerických lokalit, další části jsou vyhrazeny flóře Austrálie a Oceánie, Afriky a Madagaskaru, Vietnamu, Sundských ostrovů a Filipín. Návštěvník se může znovu potěšit pozorováním života v tropických jezerech, tentokrát shora nad jejich hladinou, nebo se může na chvíli pozastavit na vyhlídkové terase a za zvuku blízkého vodopádu vstřebávat atmosféru pralesa. Poslední, chlazená část skleníku přibližuje drsné prostředí vysokých hor. Zastoupeny jsou zde rostliny amerických And, horských oblastí pevninské i ostrovní Asie a subtropické jižní Afriky. Centrální část expozice je věnována vzácné vegetaci stolových hor Venezuely, formaci tzv. tepuí.
Výlet tropickou přírodou je už snem, který si lze v Troji splnit celoročně. Pozoruhodné tvary rostlin, roztodivné barvy a zajímavé struktury porostu se neustále mění; rozkvétají rozmanité typy květů, a dokonce přibývají i nové druhy rostlin. Procházka přes exotické hory, lesy a polopouště tak může v jakoukoliv roční dobu potěšit každého zvídavého návštěvníka.
Všechny přístupy a cesty ve skleníku jsou bezbariérové.