V České republice je mnoho typů ohrožených biotopů rostlinných druhů. Důvody ohrožení obvykle souvisí s lidskou činností, a spíše, než přímá likvidace je ohrožuje vysychání (zejména v oblastech mokřadů, ale dokonce i na suchých stepích už je v posledních letech pro některé rostliny moc sucho) nebo zvýšené vstupy živin, takže se zhoršuje konkurence a citlivější druhy mizí na úkor kopřiv, merlíků nebo ovsíku či třtiny křovištní. Lidskou činností se také hodně šíří nepůvodní druhy rostlin a zabírají prostor našim původním druhům.
Jedny z nejohroženějších biotopů jsou písčiny. Leckdy opravdu i přímo likvidované, ale právě pro ně platí, že největší potíží je zarůstání vlivem zvýšených vstupů živin. V ČR jsou písčiny dosud zejména v Polabí, na jižní Moravě a na Třeboňsku a Dokesku. Právě polabské biotopy s více vápnitými písky jsou již takřka zaniklé a náš významný hvozdík písečný český od obce Kleneč u Roudnice je chráněn pomocí rozsáhlého záchranného programu. V Praze už jsou z písčin jen naprostá torza, vše se podařilo během rozvoje města zastavět.
Z mokřadních biotopů si zaslouží zvláštní zmínku slaniska. Jde o velmi zvláštní biotop, kdy na obvykle jílovité půdě v teplých oblastech při převažujícím výparu nad srážkami dochází ke vzlínání minerálů k povrchu půdy a jejímu zasolení. Takové podmínky vydrží jen některé rostliny, které se dovedou se solí nějak vypořádat. V Čechách jsou poslední zbytky slanisek v oblasti Žatecka a Chomutovska, na Chebsku je slavný Soos. U Prahy bylo dříve jedno z nejlepších slanisek u Úžic, které je nyní dost poškozené, hezká slaná louka je u Velvar, přímo v Praze jsou náznaky slaných biotopů na jihovýchodním okraji, třeba u Kyjí dosud roste zvláštní jetel jahodnatý. O něco lepší slaniska jsou na jižní Moravě, kde navazují na panonskou květenu, ta je díky klimatu Panonie na slanomilné rostliny obzvlášť bohatá.
Dalšími zajímavými mokřady jsou rašeliniště a slatiniště, která na rozdíl od rašelinišť vznikají v místech, kde se hromadí bez přístupu vzduchu nerozložené zbytky vyšších rostlin, nejčastěji ostřic, zatímco u rašelinišť je to rozkladem mechu rašeliníku. Slatina má mnohem zásaditější reakci, půda je bohatá na organické látky a vápník, ale chudá na dusík. U rašelinišť je půda také chudá na živiny, ale i na vápník a je hodně kyselá. Oba biotopy ohrožuje celkové vysychání krajiny, u slatinišť, která jsou v nížinách je to obzvlášť velký problém, ale nedostatek srážek a dříve provedené odvodnění trápí i rašeliniště. Každý z těchto biotopů vypadá jinak. Rašeliniště je mechové s drobnými keříky klikev a borůvek, zatímco slatiniště je spíše mokrá barevná louka s mnoha kvetoucími druhy rostlin a vysokými travami. Rašeliniště se nacházejí ve vysokých polohách hor - na Šumavě, v Krkonoších, Jizerských a Krušných horách. Slatiny se dosud dochovaly v Polabí, říká se jim díky tmavé slatině černavy a jsou na místech bývalých jezer nebo vydatných pramenů. Nejlepší je Hrabanovská černava u Lysé nad Labem a slatiny na Dokesku nedaleko Máchova jezera. V Praze bývalo slatiniště do 70. let minulého století v Motole, poté bylo zničeno.
S těmito biotopy a jejich florou se mou seznámit návštěvníci trojské botanické zahrady. V současnosti je možné zde nalézt rašeliniště a písčinu. V příštím roce bude zpřístupněna celá expozice biotopů ČR. Porostou tu desítky kriticky ohrožených druhů rostlin z našeho území. To je tedy současně i příspěvek pražských botaniků k jejich dlouhodobému udržení a zachování.